2021年12月6日月曜日

オミクロン:季節性かぜコロナウィルスの挿入変異

ちょっと暇が無くて、これって何?と思っていた。

オミクロン株、風邪ウイルスの遺伝物質取得の可能性=米研究


一次資料らしいもの


Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion

mutation of putative viral or human genomic origin

A.J. Venkatakrishnan, et al.

https://osf.io/f7txy/


ins214EPEをコードするヌクレオチド配列は、SARS-CoV-2と同じ宿主細胞に感染する他のウイルスのゲノムや、SARS-CoV-2に感染した宿主細胞のヒトトランスクリプトームを含むテンプレートスイッチングによって獲得された可能性がある




a. Omicronのins214EPEが生成されるtemplate switchingのメカニズムの可能性。Omicronの前身となる変異体(青)ヒトコロナウイルスHCOV-229E(オレンジ)に感染した人体とヒト細胞を模式的に示している。枠内は、 Omicronの前身ウイルスのゲノムRNA(+)とHCOV-229Eの抗ゲノムRNA(-)が関与するtemplate switchingの可能性のあるステップを示している。このステップは抗ゲノムRNAは灰色のbox内で示されている部分である。
b. Omicron insertに対応するヌクレオチドとHCOV229Eのhomologous matchの比較。オミクロンスパイクとHCOV-229Eスパイクに対応するゲノム領域の配列アライメントを示す。




noteへ実験的移行

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