オミクロン：季節性かぜコロナウィルスの挿入変異

ちょっと暇が無くて、これって何？と思っていた。

オミクロン株、風邪ウイルスの遺伝物質取得の可能性＝米研究

一次資料らしいもの

Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion

mutation of putative viral or human genomic origin

A.J. Venkatakrishnan, et al.

https://osf.io/f7txy/

ins214EPEをコードするヌクレオチド配列は、SARS-CoV-2と同じ宿主細胞に感染する他のウイルスのゲノムや、SARS-CoV-2に感染した宿主細胞のヒトトランスクリプトームを含むテンプレートスイッチングによって獲得された可能性がある

a. Omicronのins214EPEが生成されるtemplate switchingのメカニズムの可能性。Omicronの前身となる変異体（青）とヒトコロナウイルスHCOV-229E（オレンジ）に感染した人体とヒト細胞を模式的に示している。枠内は、 Omicronの前身ウイルスのゲノムRNA（＋）とHCOV-229Eの抗ゲノムRNA（-）が関与するtemplate switchingの可能性のあるステップを示している。このステップは抗ゲノムRNAは灰色のbox内で示されている部分である。

b. Omicron insertに対応するヌクレオチドとHCOV229Eのhomologous matchの比較。オミクロンスパイクとHCOV-229Eスパイクに対応するゲノム領域の配列アライメントを示す。

Covid-19肺炎：入院患者のACE阻害剤・ARB入院使用が死亡リスク増加するとは考えにくい 同時に降圧剤コンプライアンス低下による影響不安

（中国）武漢肺炎：ACE阻害剤、ARBs、RAAS関連薬剤に関して何のエビデンス情報ないから余計な事するなよ！とのお達し
https://kaigyoi.blogspot.com/2020/03/acearbsraas.html?q=ACE


という書込をしたが・・・臨床的知見からはどうなのだろう？


降圧剤使用者にとって安心を与える臨床的報告がでてきた。一方、受診抑制による降圧剤コンプライアンス低下はコロナウィルス死亡率増加懸念も・・・


Association of Inpatient Use of Angiotensin Converting Enzyme Inhibitors and Angiotensin II Receptor Blockers with Mortality Among Patients With Hypertension Hospitalized With COVID-19
Peng Zhang,et al.
Originally published17 Apr 2020
https://doi.org/10.1161/CIRCRESAHA.120.317134
https://www.ahajournals.org/doi/abs/10.1161/CIRCRESAHA.120.317134?af=R

結論的なことは言えないが、少なくともARBやACE阻害剤使用が悪さはしてなさそう

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理論的根拠。アンジオテンシン変換酵素阻害薬（ACEI）およびアンジオテンシンII受容体拮抗薬（ARB）の使用は、高血圧患者のコロナウイルス疾患2019（COVID-19）を治療する臨床医にとって大きな関心事である。

目的。高血圧症COVID-19患者におけるACEI/ARBの院内使用と全死亡率との関連を明らかにする。

方法と結果。このレトロスペクティブ多施設共同研究では、2019年12月31日から2020年2月20日までに中国湖北省の9病院に入院したCOVID-19と診断された成人の高血圧患者1128人を対象に、ACEI/ARBを服用している188人（ACEI/ARB群；年齢中央値64[IQR 55～68]年；男性53.2％）と、ACEI/ARBを服用していない940人（非ACEI/ARB群；年齢中央値64[IQR 57～69]年；男性53.5％）を含めた。未調整死亡率は、ACEI/ARB群が非ACEI/ARB群よりも低かった（3.7％ vs. 9.8％、P＝0.01）。

部位をランダム効果として扱う混合効果Coxモデルでは、年齢、性別、併存疾患、および院内服薬を調整した後、検出された全死因死亡のリスクはACEI/ARB群と非ACEI/ARB群の方が低かった（調整後HR、0.42；95％CI、0.19-0.92；P = 0.03）。

混合効果Coxモデルで不均衡変数を調整した後の傾向スコアマッチ分析では、ACEI/ARBを受けた患者とACEI/ARBを受けなかった患者のCOVID-19死亡リスクが一貫して低いことが示された（調整後HR、0.37；95％CI、0.15-0.89；P = 0.03）。

さらなるサブグループ傾向スコアマッチ分析により、他の降圧薬の使用と比較して、ACEI/ARBはCOVID-19の高血圧患者においても死亡率の減少と関連していることが示された（調整後HR、0.30；95％CI、0.12-0.70；P = 0.01）。

結論。COVID-19に入院した高血圧患者において、入院中のACEI/ARBの使用は、ACEI/ARB非使用者と比較して全死因死亡のリスクが低いことと関連していた。

研究の解釈には残留交絡因子の可能性を考慮する必要があるが，ACEI/ARBの院内使用が死亡リスクの増加と関連しているとは考えにくい。

Key Words.

COVID-19，高血圧症，ACEI/ARB，SARS-COV-2，肺炎，感染症，肺．

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Editorial
https://www.ahajournals.org/doi/pdf/10.1161/CIRCRESAHA.120.317174

これらの研究者は、この研究とCOVID-19患者のケアを称賛されるべきであるが、彼らの結論はレトロスペクティブな観察計画の文脈で見なければならない。統計上の考慮点としては、単一の方法での傾向照合、未知の交絡因子や媒介因子（例えば、循環ACE2レベル）、あるいはACE-I/ARB群とACEI/ARB以外の群との間で依然として異なる特徴（例えば、D-ダイマー、脂質低下療法、他の抗高血圧薬）による交絡の残留、異なるタイプの降圧療法の地域や浸透性の点での選択バイアス、病状悪化のために病院での治療を中止した患者への対応の難しさなどが挙げられる。
先行するACE-I/ARB療法の期間はACE2誘導の程度に影響を与える可能性がある。さらに、入院中のACE-I/ARB療法の期間（および病状の悪化により治療を中止せざるを得なくなった患者の特徴をよりよく把握すること）が重要な因子である可能性が高い。重要なことは、研究者らはこの観察研究において、傾向一致を介してバイアスを低減するために標準的な手法を用いたが、この研究はランダム化研究ではなく、この手法に内在する交絡因子の残存により、結論はせいぜい仮説形成的なものになっていることに注意することである。
 これらの注意点を念頭に置いて、なぜACE-I/ARBによるアンジオテンシン系遮断は "保護的"（あるいは少なくとも必ずしも有害ではない）なのでしょうか？確かに、SARS-CoV-1とSARS-CoV-2の両方において、ACE-I/ARBによって標的臓器でアップレギュレートされる可能性のあるACE2は、ウイルスの侵入に必須である。
  驚くべきことに、SARSCoV-1ウイルスが侵入した後、ウイルスは細胞内のACE2発現を低下させ、その後の肺損傷はACE211の存在に依存している。
 
  ACE2発現の減少は、ACE2（およびその後のより高い循環アンジオテンシンII）の完全なアブログで、増加した肺の炎症12と関連しているマウスのSARS-CoV-1との感染は、心筋のACE2発現を減少させ、心臓のSARS-CoV1と患者は、低ACE2発現14と連動して増加した心筋炎を示しています。
 
   これらの観察は、最初のSARS危機以来明らかになっており、組換えACE2投与を介したCOVID-19におけるアンジオテンシン系調節の臨床研究（clinicaltrials.gov識別子NCT04287686）およびCOVID-19におけるロサルタンの役割を検討する無作為化研究（NCT04312009、NCT04311177）への関心を新たにしている。
 
   言うまでもなく、これらの研究（および適切な無作為化とコントロールを伴う他の研究）は、COVID-19からの救済を患者に提供するために切実に必要とされている。現在のパンデミックは、しかし、当面の治療上の決定を導くために、軽快な対応を余儀なくされている。この文脈でZhangらの所見をどのように解釈すればよいのだろうか。
 
   本研究の結論は、COVID-19でACE-I/ARBを使用している患者の臨床管理の指針となる適切なランダム化データの代用として解釈すべきではない。このデータからCOVID-19の間のACE-I/ARBの病態生理学的/メカニズム的役割について結論を出すことはできないが、COVID-19との闘いにおけるこれらの薬剤の現在進行中の無作為化比較試験のレトロスペクティブな観察的支持を提供するものである。
 
   現在のところ、現在のパンデミックのずっと前から存在していたこれらの薬剤を中止すべき明確な臨床的適応（例えば、予想されるまたは同時に悪化する腎不全、高カリウム血症、低血圧など）以外では、これらの薬剤が有効であることが証明されている状態（例えば、左室駆出率の低下を伴う心不全）でのこれらの薬剤の中止は、実際には良い結果よりも悪い結果をもたらす可能性がある。
 
    最終的には、患者の利益のために無作為化臨床科学に頼らなければならないが、Zhangらの研究はその目標に向けた直接的な一歩である。開示事項 マーシー博士は、ゼネラル・エレクトリック社とカーディナル・ヘルス社の株式とイオネティックス社のストックオプションを所有しています。また、シーメンス・メディカル・イメージング社から研究助成金や講演料、ジュビラント・ドラキシメージ社の代理として専門家の証言料を受け取っています。
   
    また、Ionetix と Curium の医療諮問委員会の委員も務めています。Murthy 博士と Shah 博士は、国立衛生研究所と米国心臓協会からの助成金の一部を受けています。
     Shah博士は過去12ヶ月間、Myokardia（現在進行中）およびBest Doctors（現在進行中）のコンサルタントを務めており、Gilead社の株式をわずかに保有しています。Shah 博士は、心臓リモデリングの ex-RNAs シグネチャーに関する特許の共同発明者である。
   

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N95マスクなど消毒効果評価の報告:蒸気化過酸化水素:VHPなど

プレプリントで研究査読されていない報告

N95レスピレータは、2～3回の着用程度では機能的な完全性を損なうことなく安全に除染できることが、政府の研究で明らかになった
紫外線とvaporized hydrogen peroxide (蒸気化過酸化水素)は対照のレスピレータに比較して2回の着用と除菌後、SARS-CoV-2ウイルスを死滅させるための基準を満たし、filtrationは2つの手段による方法えの3回め装着でも許容内であった
N95レスピレータは、2～3回の着用程度では機能的な完全性を損なうことなく安全に除染できることが、政府の研究で明らかになった
紫外線とvaporized hydrogen peroxide (気化過酸化水素)は対照のレスピレータに比較して2回の着用と除菌後、SARS-CoV-2ウイルスを死滅させるための基準を満たし、filtrationは2つの手段による方法での3回め装着でも許容内であった

蒸気化過酸化水素：Vaporized hydrogen peroxide (VHP, approximately 1,000 ppm)がより迅速であると　Vincent Munster（PhD, chief of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases' Virus Ecology Unit in Hamilton, Montana）らは述べている。

許容レベル以下到達時間は、紫外線 (260-285 nm) 約 1 時間に対して、約 10 分でウィルス増殖消失


Assessment of N95 respirator decontamination and re-use for SARS-CoV-2
Robert Fischer, et al.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.11.20062018v1
medRxiv 2020; DOI: 10.1101/2020.04.11.20062018.

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medpagetoday.com 解説では
https://www.medpagetoday.com/infectiousdisease/covid19/85982

CDCはマスク殺菌に関する手段としていずれも承認していないが、
 it "does not intend to object to the distribution and use of sterilizers, disinfectant devices, and air purifiers that are intended to be effective at killing SARS-CoV-2 ... FDA believes such devices will not create such an undue risk, when performance and labeling criteria are met."； FDA は、「SARS-CoV-2 消毒を目的とした滅菌器、消毒器、空気清浄機の流通と使用に異議を唱えるつもりはない... FDAは、性能と表示基準が満たされている場合、そのようなデバイスは、そのような過度のリスクを引き起こすことはないと考えている。"

・・・という曖昧な物言いを含むスタンス

（パラシュート理論・・・ ：検証優先破棄現実路線）

同様に、70％エタノールスプレーや　10分間70℃以上熱処理も同様のスタンス

ただ、エタノールは迅速だが、2回目使用のレスピレータ機能検証にパスできなかった

Dry heatは、1時間程度のゆっくりで殺ウィルス閾値に該当し、2回目の機能を温存する

研究者らは、汚染されたマスクをどのように最初に使用するかが、特に紫外線や乾燥熱での処理時間に影響を与えることに注意を促しています。また、「すぐに利用できる定性フィットテストツールを使用して、除染後にN95呼吸器が適切に機能するように細心の注意を払う必要がある」とも述べている。

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CDC：一般には人混みでの布製マスク使用推奨

日本人は外圧に弱いからなぁ・・・　安倍・給食当番マスクへの批判弱くなるか・・・


マスクは要らないと専門家ぶる評論家のなんと多い事よ・・・パラシュート理論というのはご存じかな？世の中には公衆衛生的対応においてエビデンス・・・エビデンスと・・・騒いでる間に手遅れになることがあるのだよ


Recommendation Regarding the Use of Cloth Face Coverings, Especially in Areas of Significant Community-Based Transmission
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/prevent-getting-sick/cloth-face-cover.html

CDC は、米国における新型コロナウイルスの蔓延と影響の研究を続けています。 最近の研究から、コロナウイルス感染者のかなりの部分は症状がなく（「無症候性」）、最終的に症状が出た人（「前症候性」）でも、症状が出る前に他の人にウイルスを感染させる可能性があることが分かってきました。 このことは、症状が出ていなくても、話したり、咳をしたり、くしゃみをしたりするなど、近くで交流している人の間でウイルスが拡散する可能性があることを意味しています。 この新しい証拠を踏まえて、CDCは、他の社会的距離を保つことが難しい公共の場（例えば、食料品店や薬局など）では、特にコミュニティベースの感染が著しい地域では、布製のフェイスカバーを着用することを推奨しています。

原文： In light of this new evidence, CDC recommends wearing cloth face coverings in public settings where other social distancing measures are difficult to maintain (e.g., grocery stores and pharmacies) especially in areas of significant community-based transmission 

ウイルスの拡散を遅らせるためには、6フィートの距離を保つことが重要であることを強調することが重要です。 CDCはさらに、ウイルスの拡散を遅らせ、ウイルスに感染している可能性があり、ウイルスを知らない人が他の人にウイルスを感染させないようにするために、簡単な布製のフェイスカバーを使用することを勧めています。 家庭用品から作られた布製のフェイスカバーや、一般的な材料で家庭で安価に作られた布製のフェイスカバーは、追加の自主的な公衆衛生対策として使用することができる。
推奨される布製のフェイスカバーは、サージカルマスクやN-95呼吸器ではない。 これらは、現在のCDCのガイダンスで推奨されているように、医療従事者やその他の医療救急隊員のために引き続き確保されなければならない重要な物資である。
この勧告は、大統領のコロナウイルスガイドライン「アメリカのためのコロナウイルスガイドライン、30 Days to Slow the Spreadexternal」のアイコンを補完するものであり、コロナウイルスの拡散を遅らせるための国の努力の礎となるものであり、これに代わるものではありません。 CDCは、適切な公衆衛生対策に関するエビデンスが発展し続ける中で、追加の勧告を行う予定です。

www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。



CDC recommends people wear cloth masks to block the spread of COVID-19
Surgical masks and N95 respirators should be reserved for health care workers
By Nicole Wetsman  Apr 3, 2020, 5:48pm EDT
https://www.theverge.com/2020/4/3/21206044/masks-cloth-coronavirus-cdc-recommendation-guidelines-wear-spread-prevent-covid-19

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CNNの侮日記事は・・・実は、アベノセイダーズが牛耳ってる？

Anger as Japanese Prime Minister offers two cloth masks per family while refusing to declare coronavirus emergency
By Emiko Jozuka and Junko Ogura, CNN
https://edition.cnn.com/2020/04/02/asia/japan-coronavirus-shinzo-abe-masks-hnk-intl/index.html
Updated 0346 GMT (1146 HKT) April 3, 2020


これを見て、「全アメリカが安倍を批判と・・・垂れ流す日本マスコミ」

国家的危機、国際的危機を政治問題にしたがる連中はクズ

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医療従事者においては現実に手に入らないPPE、マスクをどうやりくりするか・・・喫緊の課題

医療従事者やガイダンスを提供する機関は、入手可能な備品を長持ちさせ、極端な場合には労働者が自分でギアを製作する方法を真剣に検討することを求められています。多くの施設では、患者に会うたびに、箱から出したばかりの新品のマスクを装着することは不可能です。つまり、マスクをより長く着用したり、除染したりする必要があるのです。

Five Ways to Cope When Masks Run Low

— New CDC guidance offers options on reuse, decontamination -- and no, don't use home ovens or tanning beds

by Shannon Firth, Washington Correspondent, MedPage Today April 3, 2020
https://www.medpagetoday.com/infectiousdisease/covid19/85799

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Face masks for the public during the covid-19 crisis
BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1435 (Published 09 April 2020)
Cite this as: BMJ 2020;369:m1435
https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1435.short

予防原則とは、ウィキペディアによると、「問題に関する広範な科学的知識が不足している場合に、潜在的な危害の問題にアプローチするための戦略」である。しかし、 covid-19 は、現在のところ治療法もワクチンも知られていない深刻な病気であり、免疫のない集団の中で蔓延している。死亡者数は急増しており、医療システムは逼迫している。

このことは倫理的な問題を提起しています：政策立案者は今すぐ予防原則を適用して、私たちが失うものはほとんどなく、この措置から得るものがある可能性があるという理由で、人々にフェイスマスクの着用を奨励すべきなのでしょうか？

エビデンスとガイドライン
エビデンスに基づいた医療は、バイアスのリスクや統計解析の妥当性を評価するためのツールを使用して、一次研究が「正しく行われた」かどうかという内部的妥当性に主に焦点を当てる傾向がある。外部妥当性とは、異なる疾患やリスク状態の異なる集団で行われた一次研究の結果が、現在の政策課題と関連しているかどうかという別の問題に関連している。我々は、マスクの評価において、外部妥当性をより重視すべきであると主張している。

ゴールウェイ大学のチーム（E Toomey, personal communication, 29 March 2020）が、伝染病やパンデミック時の一般市民によるマスク着用に関する文献を迅速に検索したところ、5件の査読付きシステマティックレビューが見つかりました。

2020年3月27日に発表された「空のレビュー」、すなわち、 covid-19 パンデミック時のマスクの無作為化試験がこれまでのところ行われていないことを示すレビュー4
2020年のシステマティックレビュー5では、標準的な手術用マスクと人工呼吸器用マスクを比較しているが、これには、オーストラリアでインフルエンザが流行した際に、一般の人々を対象に人工呼吸器用マスク、標準マスク、マスクなしの3つの試験を2009年に実施した1つの小規模な試験が含まれている6 。
2011年のコクラン・レビューでは、身体的介入を対象とし、67件の研究（多くは質の低いもの）が含まれており、そのうちの主な関連研究は上述の2009年の試験であった7。
2010年のインフルエンザ流行時のマスクに関するシステマティックレビューでは、標準的な外科用マスクと呼吸器用マスクが含まれており、呼吸器症状のある人が着用した場合にはマスクの有効性があるが、無症状の人が着用した場合には有効性がないことが示されています8。
2007年のシステマティックレビューと専門家パネルの審議では、証拠の解釈の難しさを認め、次のように述べています。"2007年のシステマティックレビューと専門家パネルの審議では、エビデンスの解釈の難しさを認め、次のように述べています。「SARSからのいくつかのエビデンスを除いて、一般市民によるマスクの使用を直接支持する公表データは見つかりませんでした......」9 SARSからのエビデンスは論文には記載されていませんでした（したがって、専門家パネルの専門家の意見だと思われます）。その後、さらに2つのシステマティックレビューがプレプリントとして発表されている。Xiaoらは、インフルエンザの予防のための非医薬品対策をレビューした10。彼らは、実験室で確認されたインフルエンザを予防するためのフェイスマスク（標準的な手術用マスクや一般向けに設計された市販の紙製フェイスマスクを含む）の有効性を試験した1946年から2018年の間に発表された10件の無作為化比較試験を特定した。プールメタ解析では、インフルエンザ感染の有意な減少は認められなかった（相対リスク0.78、95％信頼区間0.51～1.20、I2=30％、P=0.25）。また、家庭で実施された7件の研究も同定された：4件は全世帯員用のマスク、1件は病人のみ用、2件は家庭での接触者のみ用であった。いずれの研究も、フェイスマスクを使用した場合のインフルエンザの臨床検査値の有意な減少を示していなかった。著者らは結論づけた。"マスクの無作為化比較試験では、検査値確認済みインフルエンザの感染に対する実質的な効果は認められなかった。

2020年4月6日に発表されたシステマティックレビューのプレプリントでは、フェイスマスクやその他のバリア（ゴーグル、シールド、ベール）の着用がコロナウイルス、ライノウイルス、結核、インフルエンザなどの呼吸器疾患の感染を予防するかどうかが検討された11。著者らは、全体的に、一般的なマスクの着用と家庭内の感染者によるマスク着用の両方で、感染率の減少は小さいが統計的には有意ではないと思われることを発見した。著者らは、「コビド19に対する防護手段としてのフェイスマスクの普及を支持するには、証拠は十分ではない」11 と結論づけ、さらに質の高い無作為化比較試験を実施することを推奨しています。

競合する解釈
上述の不均質でややまばらな一次文献は、政策立案者によって一貫して解釈されてきた。例えば、世界保健機関（WHO）は、マスクはコビド19を示唆する症状を持つ人にのみ推奨しており、そうでなければ医療従事者にのみ使用すべきであると述べています12 。しかしながら、他の場所では、WHOは、部分的な防護効果であっても感染に大きな影響を及ぼす可能性があるため、一般市民によるマスクの着用は、深刻なパンデミックでは重要な役割を果たすと認めています13 。

13 米国疾病対策予防センターは、当初、 covid-19 パンデミックの間はマスク着用を控えるよう一般市民に助言していましたが、この助言は2020年4月4日に更新されました（ボックス1）14。

CDC advice on use of face masks by the general public:一般市民によるフェイスマスクの使用に関するCDCのアドバイス

• Cover your mouth and nose with a cloth face cover when around others
  You could spread covid-19 to others even if you do not feel sick
  Everyone should wear a cloth face cover when they have to go out in public—for example, to the grocery store or to pick up other necessities
  Cloth face coverings should not be placed on children under age 2 or on anyone who has trouble breathing or is unconscious, incapacitated, or otherwise unable to remove the mask without assistance.
  The cloth face cover is meant to protect other people in case you are infected
  Do not use a face mask meant for a healthcare worker
  Continue to keep about 6 feet (2 m) between yourself and others. The cloth face cover is not a substitute for social distancing 

  
  人の周りにいるときは、布製のフェイスカバーで口や鼻を覆う
  体調が悪くなくても、他の人にコビド-19を広めてしまう可能性があります。
  誰もが、食料品店に行ったり、他の必需品を取りに行ったりと、公共の場に出なければならないときには、布製のフェイスカバーを着用しなければならない。
  布製のフェイスカバーは、2歳未満の子供や呼吸困難な人、意識不明の人、機能していない人、または介助なしでマスクを外すことができない人には使用しないでください。
  布製フェイスカバーは、自分が感染した場合に他の人を保護するためのものです。
  医療従事者向けのフェイスマスクを使用しないでください。

自分と他人との間に約6フィート(2m)の距離を保つようにしてください。布製のフェイスカバーは、社会的な距離感を保つための代用品ではありません。

上記の研究では、CDCが推奨しているその場しのぎの布マスクをテストしたものはありませんでした。私たちの知る限りでは、一般市民を対象とした布マスクの試験は行われていません。医療従事者のインフルエンザ様疾患の予防において、布製マスクと外科用マスクと「標準的な実践」の3つのアームで行われた試験では、布製マスクが最も効果的ではなかったが、「標準的な実践」では通常外科用フェイスマスクが使用されており、マスクを使用しない真の対照群は存在しなかった15。

様々な著者がマスクを着用しないことを正当化しているのは、主に4つの理由からである。15 様々な著者がマスクを着用しないことを正当化しているが、その理由は主に4つある。第一に、マスクが有効であるという証拠は限られていると主張している。第二に、臨床試験では、人々がマスクを適切に、あるいは一貫して着用する可能性が低いことが示されていると主張していますが、これは重要なことです。第三に、上で引用した試験では、マスクを着用することで人々が安全だと感じるようになり、手洗いや社会的距離感といった他の重要な公衆衛生上のアドバイスを無視してしまう可能性があることも示されている10 。最後に、現在の危機ではマスクが不足しているため、医療従事者がマスクをより必要としているため、一般の人々がマスクを着用すべきではなく、一般の人々がマスクを購入することは、大きなサプライチェーンの問題につながる可能性があると主張している16 。

第一の主張は、証拠がないことは証拠がないことの証拠にはならないという理由で異議を唱えることができる。第2の2つの議論は、それらを生み出した臨床試験では内部的には有効であったかもしれないが、covid-19の文脈では、それらが外部的に有効であるという証拠はない。"ここでいう「一般の人々」とは、インフルエンザの大流行の中で誰かの実験に参加しているボランティアではなく、致命的なパンデミックの中で生き延びようとしている世界中の人々のことである。彼らは、最も効果的なマスク使用のための技術を学びたいという強い動機を持っているのかもしれません。

予防原則

逸話的な証拠は、方法論的には疑わしいと考えるのが妥当であるが、予防原則の使用を考える際には、そのような証拠を完全に無視すべきではない。例えば、マスクが不足している場所では、医療従事者やその他の現場スタッフの感染率が高く（かなりの死亡率も）、マスクの保護が行き届いていた場所と比べても高いことを考慮に入れるべきである24 。

マスクの効果を示す間接的な証拠がいくつか出てきている。25 マスクの効果についての間接的な証拠がいくつか出てきている。例えば、香港で行われた縦断的な生態学的研究では、一般市民へのマスクを含む様々な非医薬品対策が導入される前後に実施され、これらがパンデミックの抑制に役立つと思われることが示唆されている（マスクの効果だけを切り離すことはできないが、変化はマスクと社会的遠ざかり対策を合わせた場合に統計的に有意であった）26 。

このような間接的で状況証拠的な知見と、このアウトブレイクの深刻さを考えると、有益性を示す直接的な実験的証拠が明確でない場合でも、予防原則に沿って一般市民が行動を変える機会を与えられるべきだという道徳的な議論があります3。ほとんどの試験が行われたオーストラリアや米国とは異なり、アジアのいくつかの国では、汚染された空気からの保護として、またおそらくSARSやMERSの発生への対応として、マスクの着用が一般化しています。例えば、日本、香港、韓国、中国では、マスク着用は現在では当たり前になっています。

予防原則を使用するためのもう一つの議論は、世界がcovid-19のために高い代償を支払う可能性があり、「巻き添え被害」のリスクがウイルスによる直接的な被害よりも高くなるということです。その危険性には、所得を失った貧しい人々や小規模企業での孤立や経済的な絶望による自殺率の増加2930、エボラで見られたように、封鎖を考慮した場合の一部の国での内戦不安31、常備薬へのアクセスを失う人々32、コビド・19をコントロールしていると見せかけた独裁体制の隆盛3334、家庭内暴力や家族間の紛争3536などが含まれている。もちろん、誤った安心感の可能性や他の感染症対策へのコンプライアンスの低下など、重要な反論もある。

我々は、早急に自然実験で検証すべきだと考える2つの仮説を提案する。1つ目は、covid-19の文脈では、多くの人々がマスクを適切に使用することを教えることができ、他の重要な感染対策を放棄することなく、一貫してこれを行うだろうというものである。第二に、政治的な意志があれば、製造能力の再利用によってマスク不足を迅速に克服することができるということである。

結論として、パンデミックに直面した場合、完璧な証拠を求めることは良い政策の敵になるかもしれない。飛行機から飛び降りるためのパラシュートのように、無作為化比較試験のエビデンスを待たずに行動する時が来ている 。

1. 引用：Potts M, 
2. Prata N, 
3. Walsh J, 
4. Grossman A

. Parachute approach to evidence based medicine. BMJ2006;333:701-3.  　；doi:10.1136/bmj.333.7570.701doi:10.1136/bmj.333.7570.701 pmid:17008675　FREE Full Text

　懐かしい・・・公衆衛生介入の無作為化試験の結果を待っていると、大きな必要性と恩恵を受ける可能性のある数百人の命が犠牲になる可能性がある。科学が優れているのであれば、試験が実施される前に行動すべきである。 　大元：Parachute use to prevent death and major trauma related to gravitational challenge: systematic review of randomised controlled trials　BMJ 2003; 327 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.327.7429.1459 (Published 18 December 2003)　；翻訳しブログアップしたはず

私たちは、家庭内（特に症状のある人）だけでなく、他人に会う可能性のある状況（例えば、買い物や公共交通機関）で家庭外でも着用することで、社会生活や経済生活への影響は比較的小さくても、感染に大きな影響を与えることができると考えています。

Key messages

1. The precautionary principle states we should sometimes act without definitive evidence, just in case
2. Whether masks will reduce transmission of covid-19 in the general public is contested
3. Even limited protection could prevent some transmission of covid-19 and save lives
4. Because covid-19 is such a serious threat, wearing masks in public should be advised

武漢肺炎COVID-19：潜伏期間中央値は5.1日

昼間、ワイドショーを観てしまった

全例検査を煽る煽る・・・　臨床疫学、ベイズ推計（推定）など無視した“専門家”たちの暴走意見とメインキャスターたちの偏り


功利主義ってのが日本には定着しなかったんだなぁ・・・と




The Incubation Period of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) From Publicly Reported Confirmed Cases: Estimation and Application
Annals of Internal Medicine 10, March 2020
https://annals.org/aim/fullarticle/2762808/incubation-period-coronavirus-disease-2019-covid-19-from-publicly-reported

潜伏期間中央値は5.1日（95％CI、4.5〜5.8日）と推定され、症状を発症する人の97.5％は感染後11.5日（CI、8.2〜15.6日）以内にそう。
これらの推定値は、conservativeな仮定の下で、1万症例毎に101症例（99th パーセンタイル、482）で、14日間の積極的なモニタリングまたは検疫後に症状を発症することを意味する

SARS-CoV-2暴露 (blue), 症状発症 (red), 症例発見 (green) までの期間 181名の確定例

Shaded regions represent the full possible time intervals for exposure, symptom onset, and case detection; points represent the midpoints of these intervals. SARS-CoV-2 = severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.










New Study on COVID-19 Estimates 5.1 Days for Incubation Period
https://www.jhsph.edu/news/news-releases/2020/new-study-on-COVID-19-estimates-5-days-for-incubation-period.html

Johns Hopkins 大学の推定

極端例が100例に1例あるが潜伏期間中央値は5.1日間

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観察期間短くしても良いのではないかと・・・発言したら、あの連中が暴言吐くだろうなぁ

The Lancet; nCoV:武漢コロナウィルス & NEJM

Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China
Prof Chaolin Huang, et al.
Published:January 24, 2020
DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext








Google翻訳

コンテキストでの研究この研究の前の証拠hCoV-229E、OC43、NL63、およびHKU1を含むヒトコロナウイルスは、軽度の呼吸器疾患を引き起こします。過去20年間に出現した致命的なコロナウイルス感染症は、重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス（SARS-CoV）と中東呼吸器症候群コロナウイルスです。 2020年1月11日までに発行された記事について、PubMedと中国国家知識基盤データベースを検索し、キーワード「新規コロノウイルス」、「2019新規コロナウイルス」、または「2019-nCoV」を使用しました。 2019年の新規コロナウイルス（2019-nCoV）によって引き起こされたヒト感染に関する公表された研究は特定できませんでした。この研究の付加価値41の実験室で確認された症例の疫学的、臨床、実験室、および放射線学的特性、治療、および臨床結果を報告します。 2019-nCoVに感染しています。 41人の患者のうち27人（66％）が華南シーフード市場に直接さらされたことがあります。患者の年齢の中央値は49・0歳（IQR 41・0–58・0）で、13人（32％）の患者に基礎疾患がありました。すべての患者に肺炎があった。患者の3分の1が集中治療室に入院し、6人が死亡した。2019-nCoVに感染した重症患者の血漿中に高濃度のサイトカインが記録された。 SARS-CoVに似ています。 2019-nCoVに感染した患者は、急性呼吸dis迫症候群を発症し、集中治療室に入院する可能性が高く、死亡する可能性があります。サイトカインストームは、疾患の重症度と関連している可能性があります。新しい疾患の全範囲と病態生理を知るために、さらに努力する必要があります。

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Wuhan pneumonia coronavirus in Japan：WHOと厚労省の亀対応　中国関連感染症故
https://kaigyoi.blogspot.com/2020/01/wuhan-pneumonia-coronavirus-in-japan.html

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A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019
List of authors.
Na Zhu, Ph.D., Dingyu Zhang, M.D., Wenling Wang, Ph.D., Xinwang Li, M.D., Bo Yang, M.S., Jingdong Song, Ph.D., Xiang Zhao, Ph.D., Baoying Huang, Ph.D., Weifeng Shi, Ph.D., Roujian Lu, M.D., Peihua Niu, Ph.D., Faxian Zhan, Ph.D., et al., for the China Novel Coronavirus Investigating and Research Team
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017?query=featured_home
January 24, 2020
DOI: 10.1056/NEJMoa2001017

The three 2019-nCoV ge-nomes  clustered  together  and  formed  an  inde-pendent subclade within the sarbecovirus subge-nus,  which  shows  the  typical  betacoronavirus  organization:  a  5′  untranslated  region  (UTR),  replicase  complex  (orf1ab),  S  gene,  E  gene,  M  gene, N gene, 3′ UTR, and several unidentified nonstructural open reading frames.

Although 2019-nCoV is similar to some beta-coronaviruses detected in bats (Fig. 4), it is distinct from SARS-CoV and MERS-CoV.  The three 2019-nCoV coronaviruses from Wuhan, together with  two  bat-derived  SARS-like  strains,  ZC45  and ZXC21, form a distinct clade in lineage B of the  subgenus  sarbecovirus.   SARS-CoV  strains  from humans and genetically similar SARS-like coronaviruses  from  bats  collected  from  south-western China formed another clade within the subgenus sarbecovirus.
Since the sequence identity in conserved replicase domains (ORF 1ab) is less  than  90%  between  2019-nCoV  and  other  members of betacoronavirus, the 2019-nCoV — the likely causative agent of the viral pneumonia in Wuhan — is a novel betacoronavirus belonging to the sarbecovirus subgenus of Coronaviridae family.

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https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2




コロナウィルス：ゲノム構成

“non-segmented, positive-sense RNA genome of ∼30 kb”
 5′ cap structure along with a 3′ poly (A) tail
5'末端にはleader sequenceとuntranslated region (UTR) がmultiple stem loop構造を呈し、RNA複製と翻訳に必要。構造的あるいはアクセサリー遺伝子のはじまりには transcriptional regulatory sequences (TRS)を持ち、3'UTRも複製やウィルスRNA必要のなめのRNA構造を有する


The spike protein (S), so called because it sticks out of the surface of the virus
The envelope protein (E)
The membrane protein (M), that is incorporated into intracellular membranes of the host cells (particularly the Golgi Body)
The nucleocapsid protein (N)

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2020.1/28追記
Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) Global Cases (by Johns Hopkins CSSE)
https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

＜それにしても、迅速診断キットがまだそんざいしないのに、検体数さばけるのだろうか？＞

もう武漢・・・という呼称じゃなく、中国コロナウィルスになっている