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2020年8月26日水曜日

Covid-19:身体的距離 2m?あるいは1m? 単一の固定された物理的距離の規則ではだめ

ARS-CoV-2の感染を減らすために、個人間の物理的な距離(1~2メートル)を規定している規則は、呼吸器の飛沫の大きさという時代遅れの二項対立的な概念に基づいています。これは、すべてのサイズの液滴が捕捉され、それが数秒でメートル上にそれらを運ぶようにそれらを集中して保持する吐出された湿った高温の乱流ガスのcloud(雲)によって移動される呼吸器の排出物の物理学を見落としている

単一の固定された物理的距離の規則ではなく、リスクを決定する複数の要因をよりよく反映した段階的な推奨を提案


Two metres or one: what is the evidence for physical distancing in covid-19?

BMJ 2020; 370 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m3223 (Published 25 August 2020)

Cite this as: BMJ 2020;370:m3223

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3223.short




<hr>


CDCは"social distance"という言葉を推しているようだ

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/prevent-getting-sick/social-distancing.html




2020年8月25日火曜日

コロナ再感染

中国武漢ウィルス


<hr>IDSAのガイドライン 最近 アップデートされていた

Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Treatment and Management of Patients with COVID-19

Published by IDSA on 4/11/2020. Last updated, 8/20/2020

https://www.idsociety.org/practice-guideline/covid-19-guideline-treatment-and-management/

<hr>

世間で、ワクチンが効かないなど、集団免疫の意味が無いだの騒いでいるようだが・・・原著を見たいものだ


香港男性がコロナ再感染、2種類のウイルス株確認 世界初の実証

ロイター

[香港 24日 ロイター] - 香港大学の研究者は24日、新型コロナウイルス感染症から回復した男性が4カ月半後に再感染したことを確認したと発表した。実証された再感染のケースとしては世界初。研究者は、集団免疫が獲得されても、ウイルスの流行が継続する可能性を示唆しているとの見方を示した

https://news.yahoo.co.jp/pickup/6369199


https://nationalpost.com/news/world/scientists-confirm-first-official-case-of-coronavirus-re-infection-in-a-hong-kong-man

“Our findings suggest that SARS-CoV-2 may persist in humans,” Kwok-Yung Yuen and colleagues said Monday in a paper accepted for publication in the journal Clinical Infectious Diseases. The findings are reminiscent of the coronaviruses that cause the common cold, and suggest SARS-CoV-2 may continue to circulate “even if patients have acquired immunity via natural infection or via vaccination,” they said.


文献はここのはずだが・・・速報版なし

https://academic.oup.com/cid


<hr> 再感染無症状というところが救いか


Covid-19: Hong Kong scientists report first confirmed case of reinfection

BMJ 2020; 370 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m3340 (Published 26 August 2020)

Cite this as: BMJ 2020;370:m3340

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3340.short?rss=1


香港の33歳の男性が、Covid-19の再感染が初めて確認されたと報告されています。


香港大学医学部微生物学教室の研究者らは、この患者の2つのエピソードは、明らかに異なるゲノム配列を持つウイルス株によって引き起こされたことを発見しました。その結果はまだ発表されていませんが、8月24日にClinical Infectious Diseases誌に掲載されました。


"この男性が最初にこの感染症を発症したのは3月のことで、おそらくロンドンから一緒に仕事をしに来た同僚から感染したものと思われます。その時、彼は非常に軽い症状を持っていたし、コビド19の陽性反応を示した。"と、研究チームのメンバーであり、大学医学部の臨床教授でもあるイワン・ファン・ンガイ・フン氏は述べている。


"香港でCovid-19の陽性が確認されたすべての患者は、観察、対症療法、感染予防のために入院しており、2回陰性となるまで3週間入院していました」とHung氏は付け加えた。"その後、4ヶ月半後にスペインに1週間滞在していた彼が香港に戻ってきたとき、香港に到着したときに誰もが検査を受けるため、彼は帰国後に検査を受けました。彼は無症状でしたが、それでも陽性反応が出て、かなり高いウイルス負荷を持っていました。


"短命」免疫

研究チームのプレスリリースによると、第1回感染時と第2回感染時のウイルスの間で、合計24個のヌクレオチドが異なっていたという。アミノ酸の違いは9つのタンパク質に見られ、その中には1回目の感染からのウイルスにのみ存在していたORF8タンパク質の58アミノ酸の切り捨てが含まれていた。今回の所見は、自然感染後の後天的な免疫は短命である可能性を示唆している。


"ワクチン接種は、以前に感染した人にはまだ考慮されるべきである "とHung氏は述べた。彼は、開発中のワクチンは「この種の突然変異からはかなり安全である」と指摘した。しかし、ウイルスが大きく変化する可能性があるので、現在試験中のワクチンは効かないかもしれません。

彼は、再感染の証拠は驚くべきものではないと述べ、他のオブザーバーもこの見解を支持している。

イギリスのイースト・アングリア大学の医学教授ポール・ハンターは、「あまり驚くべきことではないはずだ。しかし、これが文書化されることが重要です。コメンテーターは以前から、免疫力は永久的なものになる可能性は低く、数ヶ月しか持たないかもしれないと言ってきました」と述べています。

"軽症者と重症者では抗体反応の強さが異なり、その後のレベルの低下を考えると、軽症者は重症者よりも免疫の持続期間が短くなる可能性があります。"


ワクチン研究への影響について、ロンドン衛生熱帯医学大学院の微生物病原学教授ブレンダン・レン氏は、「世界で300万人以上のコビド-19の症例がある中、SARS-CoV-2への再感染の可能性が報告された最初の症例は、文脈を考慮に入れる必要がある」と述べています。

ウイルスは時間の経過とともに自然に変異することが予想されます。これは非常に稀な再感染例であり、Covid-19ワクチンを開発するための世界的な推進を否定すべきではありません。"

www.DeepL.com/Translator(無料版)で翻訳しました。

<hr>日本の左巻きマスコミは、最後の部分を省略して、ワクチン無効のみを騒ぐのであった

2020年8月20日木曜日

SARS-CoV-2:授乳からのリスクは少ない?

母乳"サンプルからも replication-competent virus は検出されなかった"


母乳やmilk bankを通した授乳へ安心感をあたえる知見

だが、データサンプルが限定的で、selection biasの可能性、検査方法・サンプル採取法など検討が必要

Evaluation for SARS-CoV-2 in Breast Milk From 18 Infected Women

Christina Chambers,  et al.

JAMA. Published online August 19, 2020. 

doi:10.1001/jama.2020.15580




2020年3月27日から5月6日の間に、SARS-CoV-2感染が確認された18人の女性(77.7%の白人非ヒスパニック、平均年齢34.4歳[SD、5.2歳])を登録した。その子の年齢は新生児から19ヵ月までであった。

女性は1~12検体を提供し、合計64検体をSARS-CoV-2 RT-PCR検査の陽性結果の前後のさまざまな時点で採取した。1 名を除くすべての女性に症状のある疾患があった(図)。1 名の母乳サンプルから検出可能な SARS-CoV-2 RNA が検出された。陽性サンプルは症状発症日に採取されたが、症状発症の2日前に採取された1サンプルと、12日後と41日後に採取された2サンプルは、ウイルス性RNAの検査で陰性であった。母乳で育てられた乳児は検査されなかった。ウイルスRNAが陽性であったサンプルを含め、どのサンプルからも replication-competent virus は検出されなかった







2020年1月25日土曜日

The Lancet; nCoV:武漢コロナウィルス & NEJM

Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China
Prof Chaolin Huang, et al.
Published:January 24, 2020
DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext








Google翻訳
コンテキストでの研究この研究の前の証拠hCoV-229E、OC43、NL63、およびHKU1を含むヒトコロナウイルスは、軽度の呼吸器疾患を引き起こします。過去20年間に出現した致命的なコロナウイルス感染症は、重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS-CoV)と中東呼吸器症候群コロナウイルスです。 2020年1月11日までに発行された記事について、PubMedと中国国家知識基盤データベースを検索し、キーワード「新規コロノウイルス」、「2019新規コロナウイルス」、または「2019-nCoV」を使用しました。 2019年の新規コロナウイルス(2019-nCoV)によって引き起こされたヒト感染に関する公表された研究は特定できませんでした。この研究の付加価値41の実験室で確認された症例の疫学的、臨床、実験室、および放射線学的特性、治療、および臨床結果を報告します。 2019-nCoVに感染しています。 41人の患者のうち27人(66%)が華南シーフード市場に直接さらされたことがあります。患者の年齢の中央値は49・0歳(IQR 41・0–58・0)で、13人(32%)の患者に基礎疾患がありました。すべての患者に肺炎があった。患者の3分の1が集中治療室に入院し、6人が死亡した。2019-nCoVに感染した重症患者の血漿中に高濃度のサイトカインが記録された。 SARS-CoVに似ています。 2019-nCoVに感染した患者は、急性呼吸dis迫症候群を発症し、集中治療室に入院する可能性が高く、死亡する可能性があります。サイトカインストームは、疾患の重症度と関連している可能性があります。新しい疾患の全範囲と病態生理を知るために、さらに努力する必要があります。



Wuhan pneumonia coronavirus in Japan:WHOと厚労省の亀対応 中国関連感染症故
https://kaigyoi.blogspot.com/2020/01/wuhan-pneumonia-coronavirus-in-japan.html






A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019
List of authors.
Na Zhu, Ph.D., Dingyu Zhang, M.D., Wenling Wang, Ph.D., Xinwang Li, M.D., Bo Yang, M.S., Jingdong Song, Ph.D., Xiang Zhao, Ph.D., Baoying Huang, Ph.D., Weifeng Shi, Ph.D., Roujian Lu, M.D., Peihua Niu, Ph.D., Faxian Zhan, Ph.D., et al., for the China Novel Coronavirus Investigating and Research Team
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017?query=featured_home
January 24, 2020
DOI: 10.1056/NEJMoa2001017




The three 2019-nCoV ge-nomes  clustered  together  and  formed  an  inde-pendent subclade within the sarbecovirus subge-nus,  which  shows  the  typical  betacoronavirus  organization:  a  5′  untranslated  region  (UTR),  replicase  complex  (orf1ab),  S  gene,  E  gene,  M  gene, N gene, 3′ UTR, and several unidentified nonstructural open reading frames.

Although 2019-nCoV is similar to some beta-coronaviruses detected in bats (Fig. 4), it is distinct from SARS-CoV and MERS-CoV.  The three 2019-nCoV coronaviruses from Wuhan, together with  two  bat-derived  SARS-like  strains,  ZC45  and ZXC21, form a distinct clade in lineage B of the  subgenus  sarbecovirus.   SARS-CoV  strains  from humans and genetically similar SARS-like coronaviruses  from  bats  collected  from  south-western China formed another clade within the subgenus sarbecovirus.
Since the sequence identity in conserved replicase domains (ORF 1ab) is less  than  90%  between  2019-nCoV  and  other  members of betacoronavirus, the 2019-nCoV — the likely causative agent of the viral pneumonia in Wuhan — is a novel betacoronavirus belonging to the sarbecovirus subgenus of Coronaviridae family.








https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2




コロナウィルス:ゲノム構成

“non-segmented, positive-sense RNA genome of ∼30 kb”
 5′ cap structure along with a 3′ poly (A) tail
5'末端にはleader sequenceとuntranslated region (UTR) がmultiple stem loop構造を呈し、RNA複製と翻訳に必要。構造的あるいはアクセサリー遺伝子のはじまりには transcriptional regulatory sequences (TRS)を持ち、3'UTRも複製やウィルスRNA必要のなめのRNA構造を有する


The spike protein (S), so called because it sticks out of the surface of the virus
The envelope protein (E)
The membrane protein (M), that is incorporated into intracellular membranes of the host cells (particularly the Golgi Body)
The nucleocapsid protein (N)









2020.1/28追記
Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) Global Cases (by Johns Hopkins CSSE)
https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

<それにしても、迅速診断キットがまだそんざいしないのに、検体数さばけるのだろうか?>

もう武漢・・・という呼称じゃなく、中国コロナウィルスになっている

noteへ実験的移行

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