2020年1月25日土曜日

The Lancet; nCoV:武漢コロナウィルス & NEJM

Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China
Prof Chaolin Huang, et al.
Published:January 24, 2020
DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext








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コンテキストでの研究この研究の前の証拠hCoV-229E、OC43、NL63、およびHKU1を含むヒトコロナウイルスは、軽度の呼吸器疾患を引き起こします。過去20年間に出現した致命的なコロナウイルス感染症は、重度の急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS-CoV)と中東呼吸器症候群コロナウイルスです。 2020年1月11日までに発行された記事について、PubMedと中国国家知識基盤データベースを検索し、キーワード「新規コロノウイルス」、「2019新規コロナウイルス」、または「2019-nCoV」を使用しました。 2019年の新規コロナウイルス(2019-nCoV)によって引き起こされたヒト感染に関する公表された研究は特定できませんでした。この研究の付加価値41の実験室で確認された症例の疫学的、臨床、実験室、および放射線学的特性、治療、および臨床結果を報告します。 2019-nCoVに感染しています。 41人の患者のうち27人(66%)が華南シーフード市場に直接さらされたことがあります。患者の年齢の中央値は49・0歳(IQR 41・0–58・0)で、13人(32%)の患者に基礎疾患がありました。すべての患者に肺炎があった。患者の3分の1が集中治療室に入院し、6人が死亡した。2019-nCoVに感染した重症患者の血漿中に高濃度のサイトカインが記録された。 SARS-CoVに似ています。 2019-nCoVに感染した患者は、急性呼吸dis迫症候群を発症し、集中治療室に入院する可能性が高く、死亡する可能性があります。サイトカインストームは、疾患の重症度と関連している可能性があります。新しい疾患の全範囲と病態生理を知るために、さらに努力する必要があります。



Wuhan pneumonia coronavirus in Japan:WHOと厚労省の亀対応 中国関連感染症故
https://kaigyoi.blogspot.com/2020/01/wuhan-pneumonia-coronavirus-in-japan.html






A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019
List of authors.
Na Zhu, Ph.D., Dingyu Zhang, M.D., Wenling Wang, Ph.D., Xinwang Li, M.D., Bo Yang, M.S., Jingdong Song, Ph.D., Xiang Zhao, Ph.D., Baoying Huang, Ph.D., Weifeng Shi, Ph.D., Roujian Lu, M.D., Peihua Niu, Ph.D., Faxian Zhan, Ph.D., et al., for the China Novel Coronavirus Investigating and Research Team
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017?query=featured_home
January 24, 2020
DOI: 10.1056/NEJMoa2001017




The three 2019-nCoV ge-nomes  clustered  together  and  formed  an  inde-pendent subclade within the sarbecovirus subge-nus,  which  shows  the  typical  betacoronavirus  organization:  a  5′  untranslated  region  (UTR),  replicase  complex  (orf1ab),  S  gene,  E  gene,  M  gene, N gene, 3′ UTR, and several unidentified nonstructural open reading frames.

Although 2019-nCoV is similar to some beta-coronaviruses detected in bats (Fig. 4), it is distinct from SARS-CoV and MERS-CoV.  The three 2019-nCoV coronaviruses from Wuhan, together with  two  bat-derived  SARS-like  strains,  ZC45  and ZXC21, form a distinct clade in lineage B of the  subgenus  sarbecovirus.   SARS-CoV  strains  from humans and genetically similar SARS-like coronaviruses  from  bats  collected  from  south-western China formed another clade within the subgenus sarbecovirus.
Since the sequence identity in conserved replicase domains (ORF 1ab) is less  than  90%  between  2019-nCoV  and  other  members of betacoronavirus, the 2019-nCoV — the likely causative agent of the viral pneumonia in Wuhan — is a novel betacoronavirus belonging to the sarbecovirus subgenus of Coronaviridae family.








https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2




コロナウィルス:ゲノム構成

“non-segmented, positive-sense RNA genome of ∼30 kb”
 5′ cap structure along with a 3′ poly (A) tail
5'末端にはleader sequenceとuntranslated region (UTR) がmultiple stem loop構造を呈し、RNA複製と翻訳に必要。構造的あるいはアクセサリー遺伝子のはじまりには transcriptional regulatory sequences (TRS)を持ち、3'UTRも複製やウィルスRNA必要のなめのRNA構造を有する


The spike protein (S), so called because it sticks out of the surface of the virus
The envelope protein (E)
The membrane protein (M), that is incorporated into intracellular membranes of the host cells (particularly the Golgi Body)
The nucleocapsid protein (N)









2020.1/28追記
Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) Global Cases (by Johns Hopkins CSSE)
https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

<それにしても、迅速診断キットがまだそんざいしないのに、検体数さばけるのだろうか?>

もう武漢・・・という呼称じゃなく、中国コロナウィルスになっている

noteへ実験的移行

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