Covid-19：現在ヒト宿主へ適合中？ convergent evolution

Covid-19もadaptationしなきゃ消滅するのだろうけど、目下、adaptationへ変化中？



Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
Lucy van Dorp, et. al.
Infection, Genetics and Evolution Volume 83, September 2020, 104351
https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829?via%3Dihub

• Phylogenetic estimate:系統推定値は、COVID-2パンデミックが2019年10月6日～2019年12月11日頃に時々始まったことをサポートしています。
• 世界各国のSARS-CoV-2株の多様性は、世界全体の多様性を再構築しています。
• SARS-CoV-2ゲノムの198部位では、すでに再発性の独立した突然変異が発生しているようである。
• 検出された再発変異は、SARS-CoV-2の新しいヒト宿主への継続的な適応を示唆している可能性がある。
• SARS-CoV-2の遺伝的多様性の蓄積をモニタリングすることで、薬剤やワクチンのターゲットになる可能性がある。

【要約】

SARS-CoV-2は、2019年12月に中国の湖北省の省都である武漢で初めて確認された人獣共通感染症起源の可能性が高いSARS様コロナウイルスです。ウイルスはその後世界的に広がり、現在進行中のCOVID-19パンデミックをもたらした。最初の全ゲノム配列が発表されたのは2020年1月5日で、この日以降、何千ものゲノムが配列決定されている。このリソースでは、SARS-CoV-2の過去の人口動態についての前例のない洞察を得ることができるだけでなく、ウイルスがその新しいヒト宿主にどのように適応しているかをモニタリングすることができ、医薬品やワクチンの設計に直接役立つ情報を提供しています。

7666のパブリックゲノム集合体のデータセットを作成し、ゲノムの多様性の出現を経時的に分析した。我々の結果は以前の予測と一致しており、すべての配列が2019年末に向けて共通の祖先を共有していることを指摘しており、SARS-CoV-2がそのヒト宿主に飛び込んだ時期であることを支持している。広範な感染のため、いくつかの国でのウイルスの遺伝的多様性は、その世界的な遺伝的多様性の大部分を再現しています。

SARS-CoV-2ゲノムのうち、これまでほとんど不変であった領域と、すでに多様性が蓄積されている領域を同定した。独立して複数回出現した変異（ホモポリシー）に着目し、SARS-CoV-2ゲノム中の198個のフィルタリングされた再発変異を同定した。再発変異の80％近くはタンパク質レベルで non-synonymous changeを生じており、SARS-CoV-2のadaptationが進行中である可能性を示唆している。Orf1abのNsp6、Nsp11、Nsp13をコードする領域にある3つの部位、およびSpikeタンパク質の1つの部位は、convergent evolutionを示す可能性のある、特に多くの反復変異（15回以上）を特徴としており、SARS-CoV-2のヒト宿主への適応のcontextとして特に興味深い。さらに、7666個のSARS-CoV-2ゲノムの alignmentを検索するためのインタラクティブでユーザーフレンドリーなウェブアプリケーションを提供しています。

Covid-19:非人工呼吸下伏臥位に関する議論

ARDSにおける伏臥位:prone positionをとる根拠は、換気血流ミスマッチ、低酸素血症、シャント化を減少させることで、dependent肺領域とnon-dependent肺領域の胸腔内圧勾配を減少し、重力効果や」胸腔内のconformational shape matchingを是正することでより均一は空気均等そしてstrain distributionを是正する目的。
NIVやCPAPは肺胞虚脱を防ぐには有効だが、換気十分な部分にもoverdistensionを来す可能性があり、呼吸駆動や吸気努力が異常に高度となり、人工換気肺障害のlung injury増悪と関連する可能性がある

人工換気を受けてない対象者に伏臥位をおこなうことへの有効性は今示されてない
これの是非に関した論述記事


Awake prone positioning in COVID-19
Koeckerling D, et al.
Thorax Month 2020 Vol 0 No 0
https://thorax.bmj.com/content/thoraxjnl/early/2020/06/15/thoraxjnl-2020-215133.full.pdf


 UK Intensive Care Society (ICS)の最近のガイダンス (ICS Guidance for Prone Positioning of the Conscious COVID Patient 2020 https://emcrit.org/wp-content/uploads/2020/04/2020-04-12-Guidance-for-conscious-proning.pdf)では、FiO₂ 28％以上必要な患者ではawake prone positioningがadvocateされている

症例を限定し伏臥位を含むプロトコールを行う

Timed position changes for patients undergoing conscious proning process Timed Position Changes: If patient fulfils criteria for proning ask the patient to switch positions as follows. Monitor oxygen saturations 15 minutes after each position change to ensure oxygen saturation has not decreased. Continue to monitor oxygen saturations as per the National Early Warning Score (NEWS) 

• 30 minutes to 2 hours lying fully prone (bed flat) 
• 30 minutes to 2 hours lying on right side (bed flat) 
• 30 minutes to 2 hours sitting up (30-60 degrees) by adjusting head of the bed 
• 30 minutes to 2 hours lying on left side (bed flat) 
• 30 minutes to 2 hours lying prone again 
• Continue to repeat the cycle……. 

現実的には様々な障壁がある

臨床的に意味のあるベネフィットをもたらすために、覚醒した患者が臥位を維持するための最低継続時間の要件はまだ定義されていない。IMVを受ける患者さんに必要な時間（12～16時間/日）に匹敵する時間は難しいかもしれません。例えば、覚醒患者を対象とした観察研究で達成された腹臥位の最長持続時間は8時間であった。重力下での肺分泌物の排出が改善され、臥位後の咳の増加は、患者環境のウイルス汚染に寄与する可能性があり、患者との接触時には適切な個人用保護具を使用する必要があります
要約すると、覚醒時の仰臥位は安全であるようであり、酸素補充やNIV/CPAPを必要とするCOVID-19患者の中から選択された患者において、呼吸器の悪化を遅らせる可能性がある。その結果、IMVの需要が減り、世界中の集中ケアサービスにかかる負担が軽減される可能性があります。資源が限られた環境では、この単純で低コストの介入は、そうでなければこれ以上の選択肢がないかもしれない患者のケアの上限を引き上げるのに役立つかもしれない。しかし、ICS が提唱する COVID-19 における起床時のポジショニングのための包括的な方針は、 臨床的に目に見える利益を達成することなく人員を過剰に伸ばすことになるかもしれない。これは、スタッフが経験が浅く、伏臥位ポジショニングを採用する際に訓練を受けていない可能性が高いクリティカルケアの現場以外では特に関係があるかもしれません。