超過死亡：デルタ vs オミクロン

オミクロンの超過死亡はデルタのそれを凌駕している

Excess Mortality in Massachusetts During the Delta and Omicron Waves of COVID-19

Jeremy Samuel Faust, ,et al.

JAMA. Published online May 20, 2022. doi:10.1001/jama.2022.8045

 https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2792738

23週間のDelta期間中に、1975件の全死因による超過死亡が発生した（27 265件の観察；25 290件の予測；95％CI、671-3297件の超過死亡）。8週間のOmicron期間には、2294件の超過死亡が発生した（12 231件の観察；9937件の予想；95％CI、1795-2763件の超過死亡）。超過死亡の1週間当たりのオミクロンとデルタの発生率比は、3.34（95％CI、3.14-3.54）であった（表）。

統計的に有意な超過死亡は、すべての成人年齢層で研究期間中のさまざまな時期に、また各期間全体でも発生した（図、表）。すべての成人年齢群について、観察された超過死亡率と期待された超過死亡率との比は、デルタ期と比較してオミクロン期で増加した（表）。

各年齢群の挿入図は、デルタ期（点線）、デルタ・オミクロン移行期（破線）、オミクロン期（実線）を拡大したものである。ベースライン（超過死亡数0）は季節自己回帰積分移動平均で求めた。

 

考察

マサチューセッツ州では、オミクロン期の最初の8週間で、23週間のデルタ期全体よりも多くの全原因超過死亡が発生した。数値的には高年齢層での超過死亡が多かったが、若年層を含むすべての成人年齢層で超過死亡があったことは、以前の波で記録されているとおりである5,6。さらに、全死因死亡の観察値と期待値の比はすべての年齢層で同様であり、デルタ期と比較してオミクロンの期間中に増加した。

また、オミクロンの変異型はCOVID-19をより軽度にする可能性があると報告している者もいる。もしそうであれば，マサチューセッツのオミクロンの波で観察された全原因超過死亡率の増加は，高い死亡率積（すなわち，適度に低い感染致死率にはるかに高い感染率をかけたもの）を反映している可能性がある．

マサチューセッツ州における調査期間の死亡率報告は99％以上完了しているが、この観察研究では予備的データを使用したため限界があった。また、オミクロンの初期には、少数の死亡が数週間前に発生したデルタの感染によって引き起こされた可能性がある。しかし、今回の調査結果は、感染力の強い（比較的穏やかな）SARS-CoV-2亜型が、高度にワクチン接種を受け免疫力が高まっている集団においても、すぐにかなりの超過死亡率を引き起こす可能性があることを示唆している。

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オミクロン：3回目ブースター効果も10週間もすれば減る

医療従事者、そろそろ10週過ぎる頃

オミクロン対応ワクチンがないとやっぱり姑息的な手段でしかないということか・・・

オミクロンの冬:COVID-19は冬の風物詩となるのか？

Winter of Omicron—The Evolving COVID-19 Pandemic
Carlos del Rio, et al.
JAMA. Published online December 22, 2021. doi:10.1001/jama.2021.24315 

https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2787609

 

2021年12月20日現在、米国では、約7万人が入院し、1日平均1300人がCOVID-19に起因する死亡を記録しています。全米では、3週間足らずでオミクロンが優勢となり、2021年12月18日までの1週間のサンプルの73%に存在するようになりました。南アフリカやヨーロッパ、そして米国での経験を踏まえると、Omicronは世界の多くの地域でDeltaに代わって優勢な変異体となる可能性が高いです。

現在、入院や死亡のほとんどはワクチン未接種の人たちによるものですが、いわゆるブレイクスルー感染と呼ばれるものが、ワクチンを完全に接種した人たち、さらにはブースターを接種した人たちの間でも診断されるようになってきています。現在までのところ、これらの感染症のほとんどは臨床的に重篤な疾患には至っていない。ワクチン接種がすべての感染症を防ぐわけではないが、これまでのところ、ワクチン接種は重症化、入院、死亡を防いでいる。現在のワクチンが、オミクロン変異型に関連する重症化に対してどの程度予防効果があるか、注意深く観察する必要がある。

 

 

オミクロン変異体の特徴
オミクロンは、受容体結合ドメイン（RBD）とN末端ドメイン（NTD）に複数の変異を有し、より効率的な細胞侵入、免疫回避、感染力増強に関連しています。まだ情報は少ないものの、オミクロンはデルタの2〜3倍の感染力を持つことが確実視されており、オミクロンに対するワクチン効果も低下している可能性があります。それでも、BNT162b2（ファイザー・バイオテック）ワクチンを2回接種すると、入院を要するCOVID-19の重症化に対しては70％の予防効果があるが、SARS-CoV-2の実験室で確認された症状感染に対しては33％しか予防できない（症状のあるOmicron患者581人、Delta患者5643人、検査陰性の対照130867人の非学者報告によるデータより）5。SARS-CoV-2感染歴のある30人を対象とした非専門家評価による別の報告では、感染歴による免疫では防御できないが、COVID-19感染歴がありmRNAワクチンを少なくとも1回接種した人は、Omicronに対しても防御されることが示唆されている。

重症度に関してはデータが限られていますが、現在のところ、オミクロンがより重症化するという明確な証拠はなく、南アフリカからの報告では、デルタ型に関連する病気よりも軽症である可能性が示唆されています7。

しかし、重症度が低いという報告は、初期の症例患者の年齢が若いことと、症例と入院や死亡の増加との間にタイムラグがあることによって、混乱が生じる可能性があります。SARS-CoV-2 Omicron変異体の785例を含むデンマークからの最近の報告では、OmicronはDeltaによる感染より重症度が低いとは限らないことが示唆されている。

もう一つの懸念は、現在米国食品医薬品局で認可されているモノクローナル抗体のほとんど（ソトロビマブを除く）が、オミクロンに対して試験管内でほとんどあるいは全く活性を示さないことである。
remdesivir、molnupiravir、nirmatrelvirなどの抗ウイルス剤の有効性に関するバリアント固有のデータはまだありませんが、これらの抗ウイルス剤の作用機序から、その活性に影響を与えることはないと考えられています。

オミクロンへの対応

オミクロンへの対応として、バイデン政権は16歳以上へのブースターを許可し、米国行きの国際線に搭乗する際に必要なCOVID-19検査結果が陰性である時間を72時間から24時間に短縮し、SARS-CoV-2の迅速検査をすべての米国居住者に無料で容易に提供できるように取り組んでいる。さらに、連邦政府の対応として、サーベイランスとワクチンの有効性の監視に向けた取り組みが強化されている。

“Fully Vaccinated：完全なワクチン接種 "の定義

オミクロン変異体の拡散により画期的な症例が増える中、感染をワクチンの "接種 "とみなすかどうかが一つの検討材料となります。SARS-CoV-2の既感染者では、少ない接種回数で高い免疫反応が得られることを示唆するエビデンスもあるが、現在の疾病管理予防センター（CDC）の勧告では、breakthrough感染やワクチン接種前の感染の場合にはワクチンの接種を省くことは支持されていない。

また、「完全なワクチン接種」の定義にmRNAワクチンの3回接種（1次接種＋ブースター）を含めるべきかどうかも疑問視されています。海外旅行、食事、室内イベントへの参加、あるいは義務化によってワクチン接種の状況が求められる場合、「完全なワクチン接種」をどのように定義するかが問題となります。現在CDCは、ジョンソン・エンド・ジョンソン／ヤンセンワクチンの1回接種またはmRNAワクチンの2回目の接種から2週間後に完全接種とすることを示しています。しかし、多くの大学やスポーツ団体、そして現在ではニューメキシコ州でも、1次接種＋ブースターを完全接種と定義するところが増えてきています。

今後の展望 冬の風物詩

ワクチンや治療法の進歩にもかかわらず、米国はパンデミックのこれまでで最も危険な局面を迎えている可能性があります。今後数週間は、呼吸器系ウイルスの3重の脅威がやってくるかもしれません。デルタ、オミクロン、そして季節性インフルエンザです。COVID-19に加えて、インフルエンザの活動が異常に低かった昨年とは異なり、今年の冬は重要なインフルエンザの季節をもたらす可能性があります。インフルエンザA(H3N2)の発生は、すでにいくつかの大学キャンパスで報告されています。これまでのところ、全国的なインフルエンザ患者数はまだ少ないですが、CDCのサーベイランスによると、すでに2020-2021年シーズン全体を上回る2000以上の呼吸器検体がインフルエンザに陽性であることが分かっています。

この影響、特に医療資源への負担を軽減するためには、ブースター投与を含め、インフルエンザとCOVID-19の両方に対するワクチン接種を増やすための強力な取り組みが必要です。ワクチン未接種者にとっては、冬の数ヶ月は重症化や死亡のリスクが高まる時期であろう。ワクチン接種者、特にブースター接種者の場合、感染症は軽度で済み、医療措置を必要としない可能性が高くなります。

オミクロン型の起源は不明であるが、SARS-CoV-2が世界的に広がり続けていることから、さらなる変異型が出現する可能性は高い。したがって、COVID-19を制御するための国内の取り組みが成功するかどうかは、出現する変種に対する効果的な監視と、世界的なワクチンへのアクセスにも依存することになる。したがって、世界的なワクチン供給を安定させ、供給とワクチン摂取を強化する努力は、資源に乏しい国々における罹患率と死亡率の削減（および経済の維持）に不可欠なだけでなく、高所得国での対応を支援するものである。パンデミックは明らかに終わっていませんが、拡大を抑制し、必要不可欠な活動を継続するためのツールは利用可能であり、今すぐにでも緊急に利用しなければなりません。

オミクロン：季節性かぜコロナウィルスの挿入変異

ちょっと暇が無くて、これって何？と思っていた。

オミクロン株、風邪ウイルスの遺伝物質取得の可能性＝米研究

一次資料らしいもの

Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion

mutation of putative viral or human genomic origin

A.J. Venkatakrishnan, et al.

https://osf.io/f7txy/

ins214EPEをコードするヌクレオチド配列は、SARS-CoV-2と同じ宿主細胞に感染する他のウイルスのゲノムや、SARS-CoV-2に感染した宿主細胞のヒトトランスクリプトームを含むテンプレートスイッチングによって獲得された可能性がある

a. Omicronのins214EPEが生成されるtemplate switchingのメカニズムの可能性。Omicronの前身となる変異体（青）とヒトコロナウイルスHCOV-229E（オレンジ）に感染した人体とヒト細胞を模式的に示している。枠内は、 Omicronの前身ウイルスのゲノムRNA（＋）とHCOV-229Eの抗ゲノムRNA（-）が関与するtemplate switchingの可能性のあるステップを示している。このステップは抗ゲノムRNAは灰色のbox内で示されている部分である。

b. Omicron insertに対応するヌクレオチドとHCOV229Eのhomologous matchの比較。オミクロンスパイクとHCOV-229Eスパイクに対応するゲノム領域の配列アライメントを示す。