オミクロン派生株の病原性低下は明白

岸田”財務事務次官”もそろそろ新型コロナウィルス対策変更してもよいのでは？

研究者達は、マウスモデルで変種がどのように作用するかを調べ、オリジナル株とアルファ、ベータ、デルタ、オミクロンの変種との影響を比較検討しました。その結果、アルファ、ベータ、デルタの各株に感染すると、肺や脳内のウイルス量が増え、体重が著しく減少し、炎症が起こり、被験者の死亡率は100％に達することがわかった。　一方、オミクロン型は、ウイルス量が少なく、肺の炎症も少なく、体重の減少率も低く、死亡率も50％と軽度であった。これは、オミクロン変異体が、ACE2「受容体」としても知られるアンジオテンシン変換酵素2と結合できるようにする変異を多く持っていたにもかかわらず、である。

Differential Pathogenesis of SARS-CoV-2 Variants of Concern in Human ACE2-Expressing Mice, Viruses (2022). 

Janhavi Prasad Natekar et al, 

DOI: 10.3390/v14061139

https://www.mdpi.com/1999-4915/14/6/1139

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2型（SARS-CoV-2）は、現在のパンデミックを引き起こし、世界中で数百万人の死者を出している。感染力の強い懸念型ウイルス（VoC）は、世界的な感染の波を繰り返し煽っている。SARS-CoV-2の以前の変異型と現在流通している変異型による疾患の相対的な重症度は大きな疑問点である。本研究では、ヒトACE-2発現マウス（K18-hACE2）を用いて、SARS-CoV-2亜型の病態を評価した。8週齢のK18-hACE2マウスに、オリジナルのB.1系統、または新興のB.1.1.7（α）、B.1.351（β）、B.1.617.2（δ）、B.1.1.529（μ）系統の代表ウイルスを経皮的に接種した。また、マウスにSARS-CoV-2(MA10)を感染させた。その結果、B.1.1.7、B.1.351およびB.1.617.2ウイルスはK18-hACE2マウスにおいてB.1株よりも有意に高い致死性を示すことが明らかになった。B.1.1.7、B.1.351およびB.1.617.2変異体に感染すると、マウスの肺と脳におけるウイルス力価がB.1ウイルスと比較して有意に高くなった。興味深いことに、SARSコロナウイルス2-オミクロン株（別名: 系統 B.1.1.529）変異体に感染したマウスは、重篤な臨床症状を示さず、高い生存率を示した。B.1.1.529の複製は、他のVoCと比較して、感染マウスの肺と脳で有意に低いことが分かった。また、B.1.1.529感染マウスの肺におけるサイトカインおよびケモカインの転写レベルは、他のVoCに感染したマウスと比較して有意に低いことがわかった。これらの結果から、SARS-CoV-2のVoCがマウスにどのように感染し、どのような病態を引き起こすかが明らかになった。

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オミクロン株は先行株に比べ嗅覚障害激減

オミクロン株は先行株に比べ嗅覚障害激減

 

JAMA. Published online June 24, 2022. doi:10.1001/jama.2022.11006

COVID-19 Resource Center

https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2793811

嗅覚障害はCOVID-19の一般的な症状であり、その割合は70％と高いことが報告されている。この症状は軽度のCOVID-19に伴うことがあり、ほとんどが症状発現後5日以内に起こり、感染消失後数日から数ヶ月間持続する。SARS-CoV-2に関連する嗅覚障害のメカニズムは完全には解明されていない。

宿主遺伝学、嗅上皮の急性炎症、局所ACE2発現、嗅覚受容体のダウンレギュレーション5が関与していると思われるが、ウイルスの寄与についてはまだ解明されていない。我々は、異なるSARS-CoV-2亜種波中の軽度のCOVID-19を持つ個人のレトロスペクティブ分析を行い、自己申告による嗅覚障害の有病率を評価した。

【方法】

2020年3月16日から2022年3月28日の間に、リオデジャネイロ連邦大学のCOVID-19診断センターに、定量的逆転写酵素-ポリメラーゼ連鎖反応によって確認されたSARS-CoV-2感染者が登録された。参加者は18歳以上であり、診断のためのサンプル採取時に軽度の症状を呈していた。本研究は、ブラジル国立研究倫理委員会の承認を得ており、参加者全員から書面によるインフォームドコンセントを取得した。

臨床的および人口統計学的データは，資格を有する専門家が実施したCOVID-19のブラジル国民健康システム質問票の更新版により取得した。参加者は、質問に対して「はい」または「いいえ」で答えることができた。"症状発現日以降、嗅覚・嗅覚喪失を経験したか？"という質問に対して、"はい "または "いいえ "で答えることができた。

ウイルス系統は、リオデジャネイロ州のゲノム監視データを用いて各参加者に帰属させた。ある系統は、ある期間に診断された個人の90％以上で検出された場合に優勢であるとみなされた。オリジナル系統（B.1.1.28およびB.1.1.33）が2020年3月16日から12月22日の間にリオデジャネイロで循環していた場合、Gamma が2021年3月1日から6月30日の間に循環していた場合、Deltaが2021年8月2日から11月10日の間に循環していた場合、Omicronが2022年1月4日から3月28日に循環していた場合に個人を募集した。本調査では、2つ以上の系統が高い頻度で共回りしている期間に診断された人は含まれていない。

関連性解析は、元の系統の期間を基準群として、ロジスティック回帰モデルを用いて行った。年齢、性別、ウイルス量、症状発現からの時間、高血圧、糖尿病、喫煙の有無が潜在的交絡因子として評価された。COVID-19ワクチンが利用可能な時期（2021年2月以降）に診断された人のみを含む感度分析も行い、ロジスティック回帰モデルの追加変数としてワクチン接種状況を追加した。オリジナル系統の期間にはワクチンが入手できなかったため、Gamma 期間を参照群として使用した。

解析にはR version 4.1.(R Foundation for Statistical Computing)を使用した。両側P値<.05を統計的に有意とした。

【結果】

コホート内の軽度のCOVID-19を持つ6053人のうち、2650人が嗅覚障害を報告し（表1）、3403人がこの症状を報告しなかった。 

 

嗅覚障害は、元の系統の期間に診断された4227人のうち2223人（52.6％［95％CI、51.1％-54.1％］）から報告された（表2）。

有病率は、Gamma 期には27.5％（95％CI、24.3％-30.8％）、Delta期には42.1％（95％CI、37.4％-47.0％）、Omicron期には5.8％（95％CI、4.4％-8.5％）に減少している。

嗅覚障害のオッズは、元の系統の時期と比較して、Gamma （調整オッズ比［OR］、0.48［95％CI、0.39-0.59］、P＜0.001）およびOmicron（調整OR、0.07［95％CI、0.05-0.10］、P＜0.001）期間に感染した者では低かった（表2）。 Delta期間では関連は認められなかった（調整済みOR、0.90［95％CI、0.71-1.15］；P = 0.41）。感度分析では、ワクチン接種の状況について追加調整した後、Omicron期とGamma 期の嗅覚障害の調整済みORは0.09（95％CI、0.06-0.15、P < .001）であることが判明した。

【考察】

本研究では，Gamma 波およびOmicron波に感染した軽症のCOVID-19の個人は，元の系統の期間に感染した個人よりも嗅覚障害を報告する確率が低いことが判明した．この結果は、SARS-CoV-2の変異型のタイプが、宿主の遺伝的感受性とともに、嗅覚障害の危険因子である可能性を示唆する。Omicronとの関連は、ワクチン接種の有無を調整しても認められ、宿主免疫学的因子とは独立であることが支持された。

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米国NBA関係者：オミクロン感染へのブースターワクチン接種効果関連報告

厚労省の週毎データで、ワクチン接種 vs 非接種の感染症比率の一過性逆転現象をもって、ワクチン無効論を広げている中京地区アナウンサーの動画みたが・・・偏ってるわ。テレビ“浅い”とかも同様だが・・・あきれ果てて・・・

オミクロン感染へのブースターワクチン接種効果関連報告

カナダ・オンタリオでのオミクロン変異の重症度影響推定

日本のオミクロン株比率がわからないのだが、1月中旬で84％という報告

この辺も厚労省は仕事してないなぁ・・・実態を把握してないのに｢まんぼう｣とか行政施策良く立てられるなぁ・・・と思う。日本の行政は事後検証なしでやりっぱなしってのが基本だからしかたないのかもしれない。その辺のおっさんがやった方がマシな行政ができるのではないか？

日本のオミクロン比率は"no data"ということになっている

↓

Share of SARS-CoV-2 sequences that are the omicron variant, Feb 14, 2022 (ourworldindata.org)

で、カナダ・オンタリオでのオミクロン変異の臨床重症度への影響調査

まぁ目新しいものはなく、以前の報告結果を確認した結果になっている

Estimates of SARS-CoV-2 Omicron Variant Severity in Ontario, Canada

Ana Cecilia Ulloa, MPH¹; Sarah A. Buchan, PhD¹; Nick Daneman, MD, MSc¹; et al

JAMA. Published online February 17, 2022. doi:10.1001/jama.2022.2274

WHOは2021年11月26日、Omicronを懸念される変種に指定。Omicronはスパイクタンパク質に37の変異があり、免疫回避性高く世界的にデルタに代わって急速に優勢な亜種となりつつある。Omicronの重症度がデルタと比較してどうなのかは、あまり明らかではありません。南アフリカ共和国の初期のデータでは、Omicronは以前の系統よりも重症度が低い可能性が示唆されていた。しかし、感染者の平均年齢が低いこと、過去の感染の程度、ワクチン接種率が低いことが、他の特定の国への一般化可能性に影響しているかのうせいがあった。カナダのオンタリオ州では，Omicron に感染した患者の入院と死亡を，マッチさせた Delta に感染した患者と比較して検討。

オンタリオ州全体のデータセットを用いて，オミクロン変異体およびデルタ変異体に感染した患者の集団規模のマッチドコホート研究を実施した．

 

マッチさせたセット内のクラスタリングを考慮したCox比例ハザードモデルを用いて、R（バージョン4.1.0；R Foundation）で、オミクロンとデルタの症例の入院、集中治療室入室、死亡のハザード比（HR）と95％CIを決定した。統計的有意性は，95％CIが1を除く場合とした．性，年齢群，ワクチン接種の有無によるリスクの差を評価するために，層別解析を行った．感度分析では，潜在的な偶発症例（入院当日または前日の初回陽性検体採取）を除外した．Public Health Ontario Ethics Review Boardは，非識別化集団データを使用したため，倫理委員会の承認やインフォームドコンセントは不要であると判断した。

適格基準を満たした37 296のOmicron症例を同定し、そのうち9087（24.4%）をDelta症例と1：1でマッチングさせた（表1）。

追跡期間の中央値は24日（IQR, 21.0-28.0）であった。マッチングされたオミクロン症例では53件の入院（0.6%）と3件の死亡（0.03%）があったのに対し、マッチングされたデルタ症例では129件の入院（1.4%）と26件の死亡（0.3%）であった。デルタ症例と比較したオミクロン症例の入院または死亡の HR は 0.41（95% CI, 0.30-0.55; 感度分析では 0.33 [95% CI, 0.19-0.56] ），集中治療室入院または死亡の HR は 0.19（95% CI, 0.09-0.39 ），死亡の HR は 0.12（95% CI, 0.04-0.37 ）であった．年齢、性別、ワクチン接種の有無によるオミクロン重症度の層別推定値は、いずれもオミクロン重症度の低下を示していた（表2）。

考察

オンタリオ州の9000人以上のオミクロン症例を対象としたこのマッチング研究では、入院または死亡のリスクは、デルタ症例に比べオミクロン症例で低かった。この結果は、オミクロンに関連するリスクの大幅な減少を示した南アフリカ、スコットランド、イングランドの知見と一致している。

この研究にはいくつかの限界があり、特に、追跡調査期間が短いこと、入院スクリーニングによる偶発的な所見により誤判定の可能性があること、発生率の増加に伴い公衆衛生上のフォローアップが不完全であることが挙げられる。オミクロン症例では重症度は低下するかもしれませんが、オミクロンの発生率が高いため、入院の絶対数や医療制度への影響は大きいと思われる。

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オミクロンsub-variant BA.2の真価

 慌てる必要はなさそう

オミクロン亜流のBA.2は、一部の国で流行し、感染力が高まる可能性があるとして話題になっていますが、専門家はまだこの変種についてそれほど懸念していない。先週末、英国健康安全局:U.K. Health Security Agencyは BA.2 を「調査中の亜種」に指定。症例が 4 日ごとに倍増しており、BA.1 として知られるオリジナルのオミクロンクレードに比べて 120% の成長の優位性を示している。

これまでに40カ国で約8000例のBA.2が検出されている。

BA.2は新しい亜系ではない。12月に初めて検出され、その時は「ステルス」オミクロン亜種として話題になった。BA.1のようにPCR検査でs遺伝子の標的が失敗することがなかったからである。これは、BA.1のスパイク欠失69-70がないため、s-geneターゲットが依然として陽性となるためである。

BA.1が約60の変異を持つのに対し、BA.2は約85の変異を持ち、感染に有利なように見えますが、重症度や免疫回避など、追加の変異が何を意味するかは明らかではない。

デンマークでは、現在BA.2が検出される症例のほぼ半分を占めています。しかし、初期のデータによると、デンマークでは入院の増加にはつながっていない。同国の保健当局も、BA.1とBA.2のワクチン効果にほとんど差はないだろうと述べている。

まだ、"オリジナル" OmicronがBA.2の再感染しうるかどうかはっきりせず、"プラス”バージョンの立場の初回変異というわけでもない。昨年、Delta Plus変異がヘッドライン化したが、オリジナルのDelta変異を上回ることはなかったことも想起される。

https://www.medpagetoday.com/special-reports/exclusives/96833