特発性肺線維症:Gene correlation network analysis

特発性肺線維症の線維化関連の病態経路の研究は進んでいるが、蜂巣肺関連の免疫反応を含めた特異的経路は、genomic 研究上同定されていない

IPFの病態経路や、免疫応答、血管形成を含めた機能障害に関連した経路同定を検討し、上皮signatureが血液関連、生存率との関連性を示す可能性を示した




Gene correlation network analysis to identify regulatory factors in idiopathic pulmonary fibrosis
 McDonough JE, et al.
Thorax 2018;0:1–9. doi:10.1136/thoraxjnl-2018-211929

lung tissue research consortium dataset with 262 iPF and control subjects (gSe47460)

IPFと対照比較で、consensus weighted gene coexpression network analysis で、overlapping coexpressed gene moduleを同定
モジュールは肺機能(DLCO、FEV1、FVCと相関性
生物学的機能とtranscription factorsの enrichment analysis

correlation network analysisで、IPFに関連する16のmodule同定

upregulated moduleは線毛、DNA replication、修復、収縮機能線維、Ｂ細胞、unfolded protein反応、細胞外マトリックスと関連

downregulated moduleは、血管、Ｔ細胞・インターフェロン反応、白血球活性化・脱顆粒、サーファクタント代謝、細胞代謝、カタボリック(異化）プロセスと関連

肺機能は9つのmoduleと関連、うち8つはDLCO、5つはFVCと関連

transcription factor とmiRNAのintermodular networkでは、線維化clustering、免疫反応、収縮機能分子

繊毛関連moduleで、生存率予測可能　p=0.0097で、末梢血IPFコホートと独立