SARS-CoV-2;2019年8月頃にはヨーロッパで感染広がっていた

図2. 本研究で同定された変異をSARS-CoV-2の世界的な変異の歴史にマッピングした模式的な表示。変異はギリシャ文字で示されている（Kumarら、2021）。本研究で分析したイタリアのサンプルで観察された変異は、我々のサンプルにおける各変異の最も早いサンプル取得日とともに、患者識別子（ID、表3参照）でマークされている。2人の患者（#9と#13）は、それぞれ2つの変異（それぞれβ2とβ3、およびβ1とβ2）を含んでいたため、2回表示されている。ヌクレオチド変異は黒で、スパイクタンパク質のアミノ酸変異（β2）は赤で示されている。また、2019年11月にブラジルで見つかった変異β3をブラジル国旗で示し、20のAおよびB.1コロナウイルス系統の付着点、およびいくつかのVariants of Concern（VOC）も示しています。インドのB.1.617（デルタ）、南アフリカのB.1.351（ベータ）、ブラジルのP.1（ガンマ）、英国のB.1.1.7（アルファ）です。点線でβ変異を結んでいるのは、3つの変異のクラスターにおける相対的な順序が高い統計的信頼度で確立できなかったからである（Kumar et al.） ProCoV2は、現在までに配列決定されたすべての既知のSARS-CoV-2ゲノムの最も新しい共通祖先（前駆体）である。(この図の凡例における色への言及の解釈については、読者はこの論文のウェブ版を参照されたい)。

Molecular evidence for SARS-CoV-2 in samples collected from patients with morbilliform eruptions since late 2019 in Lombardy, northern Italy.

Amendola, A., Canuti, M., Bianchi, S., et al. 

Environmental Research. doi:10.1016/j.envres.2022.113979.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013935122013068

【研究方法】Network of Italian Reference Laboratories for Measles and Rubella (MoRoNet)- and World Health Organization (WHO)-accredited Subnational Reference Laboratory for measles and rubella surveillanceで行われた研究

156例、 435の尿・血清・口腔咽頭試料にてSARS-CoV-2を検査。麻疹・水痘陰性であった。2019年8月に44例を収集、2019年8月と、プレパンデミックケースとされる2020年2月下旬の間に採取された。　また、2020年3月から2021年3月にかけて12検体が採取され、パンデミック事例とされた。さらに、2018年8月から2019年7月までに100例の症例から採取したサンプルを対照とした。　合計289の尿および口腔咽頭サンプルを、SARS-CoV-2 RNAの存在について分析した後、配列解析を行った。プレパンデミック38例、コントロール98例、パンデミック10例の血清について、抗SARS-CoV-2免疫グロブリンA（IgA）、IgM、IgGの分析を行った。　中和抗体価の測定には，Plaque reduction neutralization assayが用いられた．

【研究結果】SARS-CoV-2感染陽性は、プレパンデミック11例とパンデミック2例で確認された。この13名のうち、6名と7名の患者の尿と呼吸器検体からウイルスRNAが検出された。特に、パンデミック症例の尿からは、ウイルスRNAが検出された。SARS-CoV-2が陽性となった11のプレパンデミックサンプルのうち、9つは2019年に採取されたものである。最も早いSARS-CoV-2陽性の尿サンプルは、2019年9月12日に、血清レベルのSARS-CoV-2 IgGおよびIgMも検出された8カ月児から採取されたものであった。リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（PCR）診断プロトコルを使用した場合、SARS-CoV-2陽性サンプルはいずれも陽性となりました。これは、すべての検体が検出閾値以下の低いウイルス量を示したことを示している。4つのプレパンデミック検体は、抗SARS-CoV-2抗体が陽性で、IgMが最も多く検出された。これらの血清検体のうち1検体だけが部分的に中和抗体を含んでいた。逆に、中和抗体は2つのパンデミック検体で検出された。しかし、これらの検体はいずれもSARS-CoV-2のRNAは陰性であった。

前述の最初のSARS-CoV-2陽性サンプルが2019年9月12日に採取される前に採取された12サンプルは、IgA、IgM、およびIgGが陽性であった。これらのサンプルのうち、部分中和を示したのは4つだけであった。SARS-CoV-2陽性となった初期のプレパンデミックサンプルは、ほとんどがブレシアとミラノに局在しており、ミラノの症例の多くはミラノ北西部に局在していた。パンデミックの検体もすべてミラノ県に局在していた。

プレパンデミック11例のうち、5例は2019年10月12日から10月23日の間に採取されたが、すべてのパンデミックサンプルは2021年初頭の間に採取された。

ほとんどのウイルス配列はプレパンデミックサンプルから得られ、βグループに属するC3037T、A23403G、C14408Tなどいくつかの主要な変異を示した。プレパンデミックSARS-CoV-2株は、SARS-CoV-2前駆株から約6回の変異を経て、現在までの主要な循環株を生み出したαβ系統に属すると考えられている。