Covid-19：現在ヒト宿主へ適合中？ convergent evolution

Covid-19もadaptationしなきゃ消滅するのだろうけど、目下、adaptationへ変化中？



Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
Lucy van Dorp, et. al.
Infection, Genetics and Evolution Volume 83, September 2020, 104351
https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829?via%3Dihub

• Phylogenetic estimate:系統推定値は、COVID-2パンデミックが2019年10月6日～2019年12月11日頃に時々始まったことをサポートしています。
• 世界各国のSARS-CoV-2株の多様性は、世界全体の多様性を再構築しています。
• SARS-CoV-2ゲノムの198部位では、すでに再発性の独立した突然変異が発生しているようである。
• 検出された再発変異は、SARS-CoV-2の新しいヒト宿主への継続的な適応を示唆している可能性がある。
• SARS-CoV-2の遺伝的多様性の蓄積をモニタリングすることで、薬剤やワクチンのターゲットになる可能性がある。

【要約】

SARS-CoV-2は、2019年12月に中国の湖北省の省都である武漢で初めて確認された人獣共通感染症起源の可能性が高いSARS様コロナウイルスです。ウイルスはその後世界的に広がり、現在進行中のCOVID-19パンデミックをもたらした。最初の全ゲノム配列が発表されたのは2020年1月5日で、この日以降、何千ものゲノムが配列決定されている。このリソースでは、SARS-CoV-2の過去の人口動態についての前例のない洞察を得ることができるだけでなく、ウイルスがその新しいヒト宿主にどのように適応しているかをモニタリングすることができ、医薬品やワクチンの設計に直接役立つ情報を提供しています。

7666のパブリックゲノム集合体のデータセットを作成し、ゲノムの多様性の出現を経時的に分析した。我々の結果は以前の予測と一致しており、すべての配列が2019年末に向けて共通の祖先を共有していることを指摘しており、SARS-CoV-2がそのヒト宿主に飛び込んだ時期であることを支持している。広範な感染のため、いくつかの国でのウイルスの遺伝的多様性は、その世界的な遺伝的多様性の大部分を再現しています。

SARS-CoV-2ゲノムのうち、これまでほとんど不変であった領域と、すでに多様性が蓄積されている領域を同定した。独立して複数回出現した変異（ホモポリシー）に着目し、SARS-CoV-2ゲノム中の198個のフィルタリングされた再発変異を同定した。再発変異の80％近くはタンパク質レベルで non-synonymous changeを生じており、SARS-CoV-2のadaptationが進行中である可能性を示唆している。Orf1abのNsp6、Nsp11、Nsp13をコードする領域にある3つの部位、およびSpikeタンパク質の1つの部位は、convergent evolutionを示す可能性のある、特に多くの反復変異（15回以上）を特徴としており、SARS-CoV-2のヒト宿主への適応のcontextとして特に興味深い。さらに、7666個のSARS-CoV-2ゲノムの alignmentを検索するためのインタラクティブでユーザーフレンドリーなウェブアプリケーションを提供しています。