全ゲノム解析の臨床的応用に有用性あり：MRSA 全ゲノム検査自動化システムへの期待

患者ケアに反映できるtime frame内の臨床的なデータを提供できる可能性があり、whole-genome sequencingの自動化が待たれる。

MRSAに関する現行のtyping techniqueは、コアゲノムの単一配列による判断であるsingle-nucleotide polymorphisms (SNPs)。
Whole-genome sequencingが可能となり、その感染伝播経路や流行特性の解明に役立つようになった。
抗生剤耐性の人工的“resistome”を作成し、phenotypic 感受性試験との一致性を確認。また、毒素遺伝子からなる“toxome”も作成
SNPs多数のhypermutator phenotypeを有し、hypermutator phenotypeを有する流行で、SNPs数閾値では判断困難な例で直近の感染伝播鎖かどうか決定可能となった。

Rapid Whole-Genome Sequencing for Investigation of a Neonatal MRSA Outbreak
Claudio U. Köser, B.A. et. a.
N Engl J Med 2012; 366:2267-2275June 14, 2012