H.ピロリ菌と関連する遺伝子座位

H.pyloriの GWASメタアナリシス

H. pyloriのコロニー化を示唆する抗原高レベル群はtoll-like receptor 遺伝子TLR1発現レベル上位25％であり、胃内細菌のseroprevalence（感染既往・現行感染示唆）と相関する。TLR1は、TLR2受容体のco-receptorとして知られ、heterodimerを形成し、グラム陰性細胞壁由来のlipopetptideの認識に関連するため、この抗原認識はとその後の免疫カスケードにより、抗炎症作用を導くこととなり、炎症性反応、感染持続性とも関連するだろう。

Identification of Genetic Loci Associated With Helicobacter pylori Serologic Status
Julia Mayerle,  et. al.
JAMA. 2013;309(18):1912-1920. doi:10.1001/jama.2013.4350.

遺伝的感受性が、H. pylori感染に役割をはたし、 toll-like receptor遺伝子　TLR1は優位に胃内細菌のseroprevalenceと関連する。
２つの独立したGWASと後続メタアナリシス施行
H. pylori IgG serology
・Study of Health in Pomerania (SHIP) (recruitment, 1997-2001 [n  = 3830])
・Rotterdam Study (RS-I) (recruitment, 1990-1993)
・RS-II (recruitment, 2000-2001 [n = 7108])

Whole-blood RNA gene expression profile解析
・RS-III (recruitment, 2006-2008 [n = 762])
・SHIP-TREND (recruitment, 2008-2012 [n = 991])
fecal H pylori antigen
・SHIP-TREND (n = 961)
10938名のうち、　 6160 (56.3%)で seropositive for H pylori
GWASにて、H pylori seroprevalence相関として、 toll-like receptor (TLR) locus　同定　 (4p14; top-ranked single-nucleotide polymorphism (SNP), rs10004195; P = 1.4 × 10−18; オッズ比, 0.70 [95% CI, 0.65 〜 0.76])  FCGR2A locus (1q23.3; top-ranked SNP, rs368433; P = 2.1 × 10−8; オッズ比, 0.73 [95% CI, 0.65 〜 0.81])

３つのTLR gene　4p14 のうち、 TLR1のみ   minor rs10004195-A allele ()のコピー数あたりで発現多様 (β = −0.23 [95% CI, −0.34 to −0.11]; P = 2.1 × 10−4).
便中のH. pylori抗原抗体値(optical density > 1)では、TLR1発現レベルの最高位25％で多く認められる　(P = .01 by χ2 test)
さらに、TLR1としては、rs10004195 SNPに強くリンクされた細胞外domainのAsn248Ser substitutionが示された。