培養せずに、ダイレクトに、Shiga毒素産生性E. coli 104:H4 DNA検出
以前も、メタジェノミクス診断に関して記載してた
新生代のDNA sequencerで、100メガ塩基のDNA配列を決定できるようになり、Sangerのsequencingで用いられた方法に取って代わられるようになっている。下痢便サンプルを用いて、unbiased high-throughput DNA sequencingによる原因病原微生物同定の報告。
従来の微生物のゲノム解析では単一菌種の分離・培養過程を経てゲノムDNAを調製していたが、メタゲノム解析は単一菌種の分離・培養過程を経ずに、微生物の集団から直接そのゲノムDNAを調製し、そのヘテロなゲノムDNAをそのままシークエンシングする。
Shiga毒素産生大腸菌検出の報告
A Culture-Independent Sequence-Based Metagenomics Approach to the Investigation of an Outbreak of Shiga-Toxigenic Escherichia coli O104:H4
Nicholas J. Loman, et. al.
後顧的検討で、４５サンプル
phase 1 (流行株のdraft genome de novo assemly approach)、phase 2(流行株genomeのcavarage深度測定)、phase 3(流行種細菌株と既知細菌株のsequence検出比較)
【phase 1】
STEC流行株のdraft geneome検出成功
【phase 2】
流行株genomeの１０サンプルからの１０倍のcoverageでの回収、２６サンプルからは１倍位以上のcoverage
Shiga毒素遺伝子のsequenceを STEC陽性サンプルから検出 ２７・４０ (67%)
【phase 3】
C. difficileからのsequence、Campylobacter jejuni、 Campylobacter concisus、Salmonella entericaのsequence
迅速な検出が可能となり、感染コントロール上有用
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