WGS：臨床応用まだまだ

ヒトゲノム解析は1990年開始され、270億万米ドルかけて、2003年完遂

以降、今日、1千米ドル、数日で、Whole Genome Sequencing(WGS)は完遂できる状況。

今日、JAMA誌の掲載は、3つの問題が指摘されている

Clinical Interpretation and Implications of Whole-Genome Sequencing
Frederick E. Dewey, et. al.
JAMA. 2014;311(10):1035-1045. doi:10.1001/jama.2014.1717.

１）遺伝的疾患遺伝子のWGSカバー率は不完全、家族内の疾患のゲノムの重大部分のマップを正確に作成しなければ、ゲノムの他の部分のマッピングより困難。
２）研究者たちは、検出遺伝子変異全てを再現することができず、変異のタイプが疾患にどれが重要か不明。
３）実は、WGS結果不一致こそ最も重要研究対象項目で、臨床的に報告価値があるのかもしれない




シークエンシングプラットホームによれば、遺伝性疾患遺伝子の10％〜19％は、１塩基対変異発見の一般に認められたスタンダードでカバーされてないもの
１塩基対遺伝子変異記載と遺伝子型一致性が高い(99% 〜 100%)が、small insertion/delition変異は低い（53％〜59％）。
それぞれの被験者あたりの90-127のcurationは、中央値54分間(5-223分間）/遺伝子変異毎必要。専門者間の分類一致度中等度　(Gross κ, 0.52; 95% CI, 0.40-0.64)で、不明・有意性認めない変異と遺伝子データベースとカテゴライズ再分類されたのは遺伝子変異の69％。
BRCA1遺伝子１つのframeshift欠損を含む、6個別的疾患リスク候補中２つはどの被験者でも検出
遺伝子配列所見の医師レビューは、メディアンとして3つの１つが初期診断検査・被験者毎の参照として示唆され、臨床的フォローアップのためWGS所見のsuitabilityに関してはfair interrater agreementであったFleiss κ, 0.24; P 　< 001)

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これを見ると日本のこの方面実地研究、かなり遅れをとってるというのを実感する。
http://mbrdb.nibio.go.jp/data/20130118/20130118_a_WGS.pdf